大规模的畜禽业本身成本高，利润低，畜禽废水处理工艺又需要高额费用支持。因此，在选择废水处理工艺时，应优先考虑施工成本较低，运营管理成本较低，具有良好处理效果的工艺。在资源和能源逐渐缺乏的背景下，高效、低能耗流程的确能够受到更多关注。

    结合最终处理和源头控制，从根本上降低畜禽废水处理的运行和处理成本，促进清洁生产，改革传统的企业生产方法，这是废水处理的主要发展趋势。

开展畜禽养殖污染防治中应注意以下几个问题

   1、废弃物的收集、转运比较麻烦，不易进行机械化处理，建议利用中转堆放场进行收集存放，在降低人工作业强度的同时，降低粪污含水率，有条件的可以采用集装箱存放，以便二次运输。

   2、在进行塔式发酵的工业化堆肥设计时，需要微生物学家、建筑师、工程师等共同参与，慎重选择机械设备，尽可能在保证堆肥效率的同时，降低运行能耗，以体现机械化生产的优势。