养殖废水直接排入或随雨水冲刷进入江河湖库，大量消耗水体中的溶解氧，会使水体变黑发臭，造成水体污染。养殖场产生的粪污排放造成地表水、地下水、土壤和环境空气的严重污染，直接影响了人们的身体健康，而未经处理的粪污中含有大量污染物质。

养殖污水长时间渗入地下，使地下水中的硝态氮或亚硝态氮浓度增高，地下水溶解氧含量减少，有毒成分增多，导致水质恶化，严重危及周边生活用水的水质。高浓度污水还可导致土壤孔隙堵塞，造成土壤透气、透水性下降及板结、盐化，严重降低土壤质量，甚至伤害农作物，造成农作物生长受阻或死忘。

粪污水中含有大量的氮、磷等营养物是造成水体富营养化的重要原因之一，排入鱼塘及河流使对有机物污染敏感的水生生物逐渐死亡， 严重者导致鱼塘及河流丧失使用功能。