水产业的不断发展伴随着大量的养殖废水排放，这使得水体污染愈加严重，随之也产生了一系列的环保方面问题。养殖污染已在不知不觉间成为继工业污染、生活污染之后的第三大污染源，成为我国水源污染的主要原因之一。

目前，养殖方式已由以前的粗养、半精养向精养过渡，但由于片面追求经济效益，养殖密度过大，养殖品种单一，养殖水体中自然生态体系的平衡容易被打破，自身污染严重。所以水产养殖污水处理，必须引起社会的重视。这些养殖场产生的污染如得不到及时的处理，必将产生对环境的极大危害，造成生态水产品品质下降，环境恶化且危及人们的健康。

水产养殖污水中主要的污染物有氨氮、有机污染物、亚硝酸盐、磷及污损生物。目前，我国已开展了一些港湾及传统网箱养殖区的污损生物调查研究。与工业、生活污水不同，水产鱼污水属污染物成分简单的低浓度有机污水，BOD一般较低。但水产生物对水质的要求较高，氨氮和硫化氢是育苗水体中最普遍的有害物质，水体中的氨氮和硫化氢浓度会随着育苗的进行而逐渐升高。氨氮是水产生物的排泄物，也是残饵、粪便以及动植物尸体等含氮有机物分解的终产物。硫化氢则是由于含硫有机物在缺氧条件下，由厌氧细菌分解形成。水质和底质败坏而诱发弧菌等致病菌的大量繁殖，导致疾病发生，更多的则是由于生态系统的破坏和放养密度的增加而导致生态失衡的综合因素所致，水生物的抗病力降低，造成更易感染致病菌。

微生物直接或间接地作用于水产养殖对象和养殖环境，很好地分解养殖生物排泄物、残饵以及浮游植物残体等有机物，同时微生物链在水质净化中通过氧化、还原、同化和异化作用把有机物转变为简单的化合物，保证水质的正常功能，从而维持养殖环境生态系统中养殖生物、病原、水质间的平衡。

水环境表层有氧区氧化作用，底层无氧区无氧发酵作用使含碳物质转化为二氧化碳供植物光合作用利用。微生物在碳循环中的作用微生物参与碳循环的转化，主要是通过它们对各种含碳化合物，特别是含碳无氮有机物的作用而进行，其主要是常见的发酵和氧化作用。