水产养殖中会产生大量的废水，废水生物处理方法利用微生物和自养性植物改良水质，有助于防止残饵与代谢产物积累所引起的水质败坏。自养性植物包括色藻类、高等水生植物等。以下就不同的生物处理方法分开进行介绍。

2、活性污泥法

活性污泥法中活性污泥由细菌、原生动物等组成，常见的有酵母、草履虫及霉菌等。活性污泥法的应用历史较长，其原理及工艺技术已经成熟，在养殖废水行业应用十分广泛，去处氮磷的效果比较好；但有也有着显著缺点，该法占地大，产生的污泥如处理不好会产生二次污染，并且运行费用高。

现有的生物法中，活性污泥法在含盐程度不高的情况下有较理想的效果，因此不适于处理海水养殖废水。

3、大型藻类

除磷、氮及菌藻调控技术大型藻类的养殖技术一般比较成熟，种群数量容易控制，它们本身又可用作饲料、药材甚至是食品。因此自20世纪70年代开始，逐渐利用大型海藻来净化养殖环境。目前，试验进行的大型藻类生物净化作用所涉及的大藻包括绿藻、褐藻、红藻等，主要针对养殖自身污染，对养殖环境的营养盐负荷以及可能造成的赤潮生物的爆发而进行研究。一般采用石莼类和江篱类为吸收营养盐的素材，对赤潮生物的抑制一般以石莼类为研究材料。我国养殖废水产生的病害一般发生在雨季和高温季节，因此，应当积极筛选温度适应广和盐度使用度广泛的大型藻类，以满足我国养殖水域净化的需要。此外，现在已经开展菌藻联合调控技术的研发，但利用大型海藻抑制自然水体等作用还没有稳定，没有在自然海区投人实际应用。细菌和藻类是水生态体系中调节水质的重要微生物,它们能够有效控制养殖水体中的NH4+-N、NO2--N等营养盐含量,改善水质，且无毒无副作用、不污染环境的特点，符合健康养殖的要求。

4、人工湿地

以景观水体为处理对象，构建了植物浮床生态箱-植物浮床生态箱-人工湿地-沉水植物生态箱多级的人工生态系统，在系统中引入了鱼类、螺蛳、虾以及多种植物等物种。用这种生态系统进行试验，可得出系统达到稳定运行之后，景观水体池中，DO、TN、TP、COD、NH4+-N等平均值数据都较为可观。