畜禽养殖废水中生物处理技术就是通过微生物自身的新陈代谢作用，将污水中的无机物转化为有机物或是将有机物转化为无机物，从而使废水得到净化的一种方法。从是否需氧的角度来说生物处理方法主要分为厌氧生物法和好氧生物法。

1、厌氧好氧工艺的发展

厌氧生物处理法是指生物在无氧或缺氧条件下，利用自身的代谢作用分解污水中的有机污染物，使有机污染物转化为无机物质的一种生物处理方法。厌氧工艺从开始的厌氧消化池，发展到了现在的厌氧滤器，包括上流式厌氧污泥床、厌氧流化床反应器、厌氧折板式反应器、内循环厌氧反应器、升流式固体反应器等。

好氧生物处理法则是在富含氧气的情况下利用好氧微生物代谢作用分解污水中的有机污染物一种方法。好氧生物处理法主要有活性污泥法和生物膜法两大类别。

2、厌氧与好氧联用技术

由于养殖场废水的有机物浓度高，直接采用好氧处理，能耗太高，而相对来说厌氧处理的费用低。但是如果直接采用厌氧处理，CODcr难以达到排放标准。这就促使许多养殖厂不得不尝试将将厌氧与好氧工艺结合起来应用，这样既能够保证费用低，又可以实现污水达标排放。通常厌氧处理会用来制沼气，供应养殖区和办公区的用电需求。

对于厌氧好氧工艺组合，有许多学者进行了相关研究，且取得了一定的效果。当把内循环高效厌氧反应器和A/O法结合应用于规模化畜禽养殖场污水处理，结果显示COD的去除率高达75%。