不同于城镇地区已经具备了成熟的污水收费体系，农村地区目前没有收费基础，暂时还不能实现用户排污的收费，这导致农村污水处理项目需全部由政府买单，对当地政府而言，财政压力相对较大。

污水处理作为一项长期持续的工程，需要投入大量资金，大多数地区的乡镇政府难以承受建设及运行费用，并没有市场化融资渠道。此外，部分地区仅靠政府财政投入，存在一定程度的重投资、轻效益现象。

发挥政府投资的引导和撬动作用，采取直接投资、投资补助、资本金注入、以奖代补、财政贴息、无偿提供建筑材料等多种方式支持农村基础设施建设。鼓励地方政府和社会资本设立农村基础设施建设投资基金。建立规范的地方政府举债融资机制，推动地方融资平台转型改制和市场化融资，通过特许经营等方式吸引社会资本参与农村污水处理项目，通过绩效考核支付运营费可大大提高治理效果。

加快农村污水处理设施产权制度改革。以政府投入为主建立规模较大的农村集中供水基础设施，由县级人民政府或其授权部门根据国家有关规定确定产权归属；单户或联户农村供水基础设施，国家补助资金所形成的资产归受益农户所有；以政府投入为主兴建、规模较小的农村供水基础设施，资产交由农村集体经济组织或农民用水合作组织所有；社会资本投资兴建的农村供水基础设施，建立管护制度，落实管护责任。

积极探索创新付费制度，鼓励先行先试，在有条件的地区实行污水处理农户缴费制度，保障运营单位获得合理收益，并建立财政补贴与农户缴费合理分摊机制。