由于农村污水处理排放没有统一的标准，容易造成工艺和建设标准困难等问题。对工程的设计、施工、验收、运营以及评价也缺乏统一的技术标准规范，有的地方直接照搬城市标准，会导致污水处理成本高，甚至无法正常运行等问题。

标准和规范的制定首先需要统筹考虑村镇的地域性差异，针对不同地区、不同地理气候条件、不同地形地势以及经济发展水平，污水处理设计要进行相应调整。其次，设计时应优先考虑资源化利用。我国水资源匮乏，村镇污水的处理及就地资源化利用是非常重要的，尤其是我国北方和东部的缺水干旱地区。其次，设计时应做到经济高效，村镇污水处理系统要投资省、运行能耗低，与村镇的经济发展水平，村民的经济承受能力相适应。最重要的是工艺设计要稳定可靠，出水满足排放标准要求。

考虑到农村的经济能力和运维情况，排放标准不可过于严苛。农村污水标准的制定首先要考虑的是有机物和SS，有效治理水体黑臭，不应过分的要求TN和TP的排放标准，实际上很多西方发达国家的农村污水处理并没有氮磷的要求，排放标准制定应因地制宜，要兼顾环境容量，即受纳水体自净能力和排放去路，以及当地社会经济等综合情况考虑。