针对我国畜禽养殖业种养失衡、成套技术少以及排放特异性污染物等问题,水专项从技术研发、成套技术集成、管理机制等方面开展系统研究,产出了系列研究成果。

水专项重视实用技术的应用,通过建设示范工程,引导、培训和推广水专项成果。水专项产出了多项养殖污染治理技术,其中多项技术均建立了示范工程并取得良好的运行效果。如：由中国农业科学院农业环境与可持续发展研究所研发的大通栏原位发酵床和异位发酵床养猪技术,被推荐为农业农村部2018年十大引领技术及主推技术,且被推广到福建、江苏、浙江和四川等省,累计应用两千多万头当量猪,相关推广应用规模仍在继续增长中,在业内成为很好的宣传示范样板。

大规模的畜禽业本身成本高，利润较低，因此难以承受高处理成本的养殖废水处理工艺。因此，在选择废水处理工艺时，运营管理成本较低，应优先考虑施工成本较低，又能够具有良好处理效果的工艺。在资源和能源逐渐缺乏的背景下，高效、低能耗流程的废水处理设备正在受到更多关注。