随着畜禽养殖业的发展，畜禽养殖和大规模畜牧业产生的大部分废水已成为水污染的主要来源之一。畜禽废水如果直接排出，它不会只对地表水和地下水造成严重破坏，还将严重影响农田生态系统，破坏生态环境。

中共中央、国务院早就将将畜禽养殖污染防治工作列入中央一号文件,明确指出推进农业清洁生产,加快畜禽粪便集中处理。国务院印发文件曾明确提出到2020年我国将建立科学规范、权责清晰、约束有力的畜禽养殖废弃物资源化利用制度,全国畜禽粪污综合利用率达到75%以上,规模养殖场粪污处理设施装备配套率达到95%以上。生态环境部、农业农村部在2019年9月联合召开了规范畜禽养殖禁养区划定和管理促进生猪生产发展视频会,明确表示通过科学制定种养循环发展规划、强化政策支持、加强技术推广、健全标准体系和建立市场机制等举措,加快推进畜禽养殖粪污资源化利用,构建种养结合、农牧循环的可持续发展新格局。目前我国畜禽养殖业正逐步向集约化、专业化方向发展,现在我们的问题已经从畜禽养殖污水处理变成了如何在确保畜禽养殖规模的前提下,加快推进污染防控、种养结合,在当前甚至未来一定时期内保障我国畜禽养殖业可持续发展的重大现实问题。

将生物有机肥和化学肥料进行对比，不难得出生物肥料中的有机物质含量较高，尤其适用于土地开垦和土壤改良。生物有机肥的适用面非常广，包括各种粮食作物、经济作物、有机农场等对生物有机肥都有较高需求，并且施用生物有机肥所生产出来的粮食与蔬菜的口感更佳，如果用到经济作物，更能够显著提升其经济价值，因此备受农户欢迎。将畜禽养殖废弃物制作成有机肥后，可以卖出相当不错的，仅比普通复合肥的市场价略低，市场前景可谓是非常广阔。