国内外已经发展了许多养殖废水的处理方法，其中包括物理、化学处理方法和生物膜法、耐盐植物处理法、人工湿地处理法、及综合处理法等。此外，还有专门针对悬浮颗粒物的处理方法。

1、物理处理法：依据水体及水体中污染物的理化性质，采取曝气、过滤、沉淀、吸附、气浮等方法净化水质，除去水中悬浮物质或有害气体。

2、化学处理法：利用化学反应来处理水中的污染物或悬浮胶粒。包括絮凝、中和、络合、氧化还原、消毒等方法。

3、生物方法利用微生物和自养性植物改良水质，有助于防止残饵与代谢产物积累所引起的水质败坏。

（1）活性污泥法

活性污泥法中活性污泥由细菌、原生动物等组成，常见的有酵母、霉菌、草履虫等。该法的应用历史较长，原理、方法及工艺技术已经成熟，应用于养殖水处理，去处氮磷的效果较好。现有的生物法中，活性污泥法只在盐度不高的情况下有比较理想的效果，不适于处理海水养殖废水。

（2）生物膜法

生物膜法具有高效、操作简便等特点。生物膜的载体不同，附着在载体上的微生物的生长量不同，对养殖废水的处理效果也不同。目前多采用紫外线杀菌器、臭氧发生器、蛋白质分离器和生物过滤器这四部分构成养殖污水生物膜处理工艺系统。

常用的生物过滤器有浸没式生物滤床、滴滤式生物滤床、生物转盘等。但生物膜法存在抗冲击力弱、易受污染、不能多次循环利用、运行时间长等缺点，尚不能广泛的应用于处理养殖污水。因此一些研究者在此基础上进行了改进研究。

（3）人工湿地及大型藻类处理方法

以景观水体为处理对象，构建了植物浮床生态箱-植物浮床生态箱-人工湿地-沉水植物生态箱多级人工生态系统，在系统中引入了多种植物、鱼类、螺蛳、虾等物种，且该系统在循环流方式下运行。

大型藻类的养殖技术一般比较成熟，种群数量容易控制，它们本身又可用作饲料、药材、食品。因此自20世纪70年代开始，逐渐利用大型海藻来净化养殖环境。目前，试验进行的大型藻类生物净化作用所涉及的大藻包括绿藻、褐藻、红藻等，主要针对养殖自身污染，对养殖环境的营养盐负荷以及可能造成的赤潮生物的爆发而进行研究。一般采用石莼类和江篱类为吸收营养盐的素材，对赤潮生物的抑制一般以石莼类为研究材料。我国养殖病害一般发生在高温季节和雨季，因此，应当积极筛选广温、广盐种的大型藻类。此外，目前还逐步发展了菌藻联合调控技术。细菌和藻类是水生态体系中调节水质的重要微生物,它们能够有效控制养殖水体中的NH4+-N等营养盐含量,改善水质，且具有无毒副作用、不污染环境的特点，符合健康养殖的要求。