我国的水产养殖业发达程度位居世界之首，但是环境保护措施却相对滞后。一些临海城市的港湾众多，浅海滩涂辽阔，海洋生物资源丰富。水产业的不断发展伴随了大量的水产养殖废水排放，使得水体污染严重，带来了一系列的环保问题。

水产养殖废水中主要的污染物有氨氮、亚硝酸盐、有机污染物、磷及污损生物。目前，我国已开展了一些港湾及传统网箱养殖区的污损生物调查研究。与工业、生活污水不同，水产鱼污水属污染物成分简单的低浓度有机污水，BOD一般也较低。但水产生物对水质的要求较高。氨氮是水产生物的排泄物，也是残饵、粪便以及动植物尸体等有机物分解的终产物。水质和底质败坏会诱发弧菌等致病菌的大量繁殖，并且导致疾病发生，更多的是由于生态系统的破坏和放养密度的增加而导致生态失衡的综合因素所致，水生物的抗病力降低，造成更易感染致病菌。

目前，养殖方式已由以前的粗养、半精养向精养过渡，但由于养殖密度过大，养殖水体中自然生态体系的平衡被打破，自身污染严重。另外，由于工业废水、生活污水的乱排乱放，导致养殖水体的外源污染也日益严重，养殖病害频繁发生养殖污染已成为继工业污染、生活污染之后的第三大污染源，成为我国水源污染的主要原因之一。这些养殖场产生的污染如得不到及时的处理，必将产生对环境的极大危害，造成生态环境恶化、水产品品质下降并危及人体健康。