与工业废水相比，医院废水的危害要更大。医院在运行过程中，会产生具有直接或者间接感染性、毒性以及其他危害性的废水，成分复杂，涉及放射性污染以及多种生物性化学性。医院废水中含有大量的病毒、细菌、虫卵等致病原体外，除此之外还含有一定量的化学药剂和放射性同位素，具有会对空间产生污染、传染速度快以及会潜伏性传染等特征。总的来说，医院废水的危害性很大。如果含有病原微生物的医疗污水，不经过消毒、灭活等无害化处理，而直接排入城市下水道，会对环境造成严重的污染，甚至会引发各种疾病，或导致介水传染病的爆发流行。

那么医院废水处理的流程工艺选择就需要按以下原则来进行：

1、传染病医院必须采用二级处理，且需要进行预先的消毒处理。

2、处理出水排入城市下水道的综合医院如果仅仅采用一级处理工艺的必须加强处理效果，在条件允许情况下，一般推荐采用二级处理。对于经济不发达地区的小型综合医院，条件不具备时可采用简易生化处理作为过渡处理措施，之后逐步实现二级处理或加强处理效果的一级处理，但是切不可由于条件限制不经处理医院废水或不达标处理。

3、处理出水排入自然水体的县及县以上医院必须采用二级处理。